学校在1978年设立工业发酵本科专业，该专业隶属于二系；1986年由发酵专业发展成食品工程系；2002年撤系建院，成立食品与生物工程学院；2014年在食品与生物工程学院基础上成立生物工程学院。

二系时期（1978-1986）

食工系时期（1986-2002）

食品与生物工程学院时期（2002-2014）

生物工程学院 (2014 - 2018)